Sau khi phục vụ quân đội, Mueller tiếp tục học tại trường Đại học Luật Virginia, cuối cùng phục vụ trong việc Đánh giá Luật. Sau khi nhận được bằng Thạc sĩ Luật của Juris, Mueller đã làm việc với tư cách là người tố tụng tại San Francisco cho đến năm 1976.

Sau đó, ông phục vụ trong 12 năm tại Văn phòng Luật sư Hoa Kỳ. Ông lần đầu tiên làm việc trong văn phòng của Luật sư Hoa Kỳ tại Quận Bắc California ở San Francisco, nơi ông ta trở thành trưởng phòng hình sự, và năm 1982, ông chuyển tới Boston để làm việc tại văn phòng của Văn phòng Luật sư Hoa Kỳ Quận của Massachusetts là Trợ lý Luật sư Hoa Kỳ, nơi ông điều tra và truy tố các vụ gian lận về tài chính, khủng bố và tham nhũng công khai, cũng như các kế hoạch ma túy và các nhà rửa tiền quốc tế.

Sau khi phục vụ như một đối tác tại công ty luật Boston của Hill và Barlow, Mueller trở lại phục vụ chính phủ. Năm 1989, ông phục vụ trong Bộ Tư pháp Hoa Kỳ như là một trợ lý cho Bộ trưởng Tư pháp Dick Thornburgh. Năm sau ông chịu trách nhiệm về bộ phận hình sự của mình. Trong nhiệm kỳ của mình, ông giám sát các vụ truy tố gồm có Manuel Noriega, vụ 103 ở Lockerbie, và ông chủ Gambino ông John Gotti. Năm 1991, ông được bầu làm đồng nghiệp của Trường Cao đẳng Luật sư Hoa Kỳ.

Năm 1993, Mueller trở thành đối tác của Hale và Dorr của Boston, chuyên về tranh tụng hình sự về tội phạm cổ trắng. Ông trở lại với dịch vụ công năm 1995 với tư cách là nhân vật cao cấp trong bộ phận giết người của Văn phòng Chưởng lý Hoa Kỳ Quận Columbia. Năm 1998, Mueller được gọi là Luật sư của Hoa Kỳ cho Quận Bắc California và giữ chức vụ đó cho đến năm 2001.